针对“十二五”期间的国家科技支撑计划，几个月前，科技部会同财政部发布了修订版的《管理办法》，其中提出的实施原则是“竞争、公开、择优、问责”。在项目验收方面，新《办法》被指针对“十一五”期间暴露的两个问题：

　　其一，由于没有对项目验收进行明确的规定，一些项目在验收时未能与立项时确定的目标进行对比，进而判断项目的完成情况；其二，原先对于项目执行期结束后仍未提出验收申请的单位和责任人并未有相关的处理意见，导致科技部难以对项目验收进行有效的把握。

　　新《办法》一方面提出项目验收应以项目批复确定的任务考核指标为依据，并将这一精神体现科技支撑计划实施细则以及相关表格中；另一方面规定了惩罚性的措施：对项目在执行期结束后半年仍不能接受验收的，科技部将对有关单位或责任人进行通报。

　　另外，新《办法》明确规定了验收专家工作流程“验收专家应根据项目批复和课题任务书中所列出的考核指标，认真审核项目和课题自评估报告及相关材料，在听取汇报、实地考核、观看演示、提问质询等基础上，对项目和课题任务的完成情况进行评价；同时从完成成果的技术水平、与项目和课题的关联程度、经费使用和管理等方面对项目进行绩效考核。最后，经专家组讨论形成专家组意见和建议，由专家组长签字确认。如专家有不同于专家组的其他意见，可单独提出验收意见。”

　　在863计划的管理办法中，也提出要对延期验收严格管理，要求不能按期验收的课题承担单位应提出延期验收的书面申请，而未通过验收的承担单位应在半年内完成整改，再次验收。如未按时提出验收申请或仍然不通过验收的，将被记入信用记录。

　　而国家科技重大专项为了增强公正性，则规定各专项领导小组可以委托具备条件的第三方评估机构，对专项任务执行情况进行监督、检查和评估。